A Szent István Alapítvány létrejöttének megértéséhez vissza kell lépnünk az időben 1927-be, amikor a Magyar Állam és a Római Katolikus Egyház közösen megvásárolták Rómában a Via Giulia 1. szám alatt lévő Falconieri palotát, ahol a Magyar Akadémia és a Pápai Magyar Egyházi Intézet helyezkedett el egy fedél alatt. Az Akadémia feladata az volt, hogy a Rómában tanuló ösztöndíjasok és kutatók számára megfelelő szállást biztosítson és képviselje a magyar kultúrát. A Pápai Magyar Intézet hasonlóképpen ösztöndíjasokat látott vendégül és képviselte a magyar egyházat a Vatikánban. 1949-ben Mindszenty bíboros hercegprímás letartóztatása után a két intézmény között feszült viszony alakult ki. A pápai intézet vezetői és pap lakói politikai menekültekké váltak. A magyar komunista rezsim és a Szentszék között csak 1964-ben jött létre részleges megegyezés, ekkor a Vatikán leváltotta az „emigráns” vezetőséget és hazulról kiküldötteket nevezett ki az intézmény élére. A volt emigráns lakók számára új fedelet kellett keresni. A legegyszerűbb megoldásnak látszott felújítani Mindszenty bíboros elgondolását és megkísérelni a Santo Stefano Rotondo templom és a mellette épült, volt pálos kolostor megszerzését. Így a Szent István király által megszerzett de 1776-ban lebontott San Stefanino templom és az általa építtetett de ugyancsak lebontott zarándokház helyett újra lett volna magyar templom és zarándokház, valamint a hajléktalanná vált magyar papok is otthont találhattak volna. Ez a kisérlet azonban nem jutott révbe. E fenti két cél megvalósítása érdekében hozta létre Mons. Zágon József 1965. december 15-én a Szent István Alapítványt. Az Alapítvány Fáy Erzsébet nagylelkű felajánlásából és a külföldön élő magyarok összefogásával hozta létre két év leforgása alatt a napjainkban is működő Szent István Házat.
              A Szent István Ház tulajdonosa és fenntartója a Szent István Alapítvány, amelynek mindig hét tagja van. A tagok egyházi és világi személyek, akik Rómában élnek és dolgoznak, közülük egy tölti be az elnök tisztét. Az alapítvány célja a zarándokház fenntartása és működtetése, valamint első szent királyunk tiszteletének ápolása. Jelenleg az alapítvány elnöke 1992 óta Ruppert József piarista atya, a házat a Kalocsai Iskolanővérek vezetik.